Los orígenes del caballo de Pura Raza Española se remontan a los tiempos terciarios, desde cuya época la Península Ibérica había sido un crisol paleoetnológico, transformador y creador de especies y razas equinas, favorecido por la abundante vegetación herbácea del momento, aún caliente y húmeda.

Sigue habiendo discrepancias entre los más ilustres investigadores, como Koenigswld (1920), Frechkop (1964), Otto Abel (1928), Nobis (1974), R. Castejón (1952), Madariaga (1975), Skorlowski (1974), Adametz y Kronacher (1737), cuando se trata de compartir las ideas de los distintos paleontólogos en cuanto a orígenes y emigraciones, aunque la mayoría es consciente de la emigración desde América a Asia, a través del actual estrecho de Bering, difundiéndose por Asia y Europa. También existen desacuerdos a la hora de definir los distintos géneros de la familia Equidae. No obstante, existe unidad de criterios al considerar el origen del caballo español, que la mayoría de los autores citados denomina «caballo andaluz», en el caballo del noreste de Siberia, subespecie del Equus Mosbachensis, precursor del caballo Przewalski, caballo salvaje de Mongolia, denominado así por Poljakow en 1981 en honor a la aportación realizada por el explorador ruso Nikolai Michailowitseh Przewalski (1839-1888), quien trajo de Asia en 1878 una piel y un cráneo de aquel caballo salvaje, también denominado Equus Ferus Pallas, del que existen en la actualidad unos 300 animales, todos controlados en un centro de investigación desde hace once generaciones (1890), y según los estudios de Bouman y Hensdisk, extinguidos actualmente en vida salvaje. Sobre ellos se han realizado abundantes trabajos de investigación genética y bioquímica, así como de craneometría, dentición, etc...

En una casa romana (en la Villa de la Palma) correspondiente al siglo II A.C., entre Monforte y Piamonte, arqueólogos portugueses encontraron en sus pavimentos de mosaicos, entre otros motivos, cinco caballos con los nombres de Corruptor, Impetuoso, Seductor, Andaluz y Marinero. En los dos primeros, marcados a fuego, se observa una palma sobre el anca izquierda. Son caballos de perfil subconvexo, eumétricos, de cuello erguido, dorso corto, grupa en pupitre y nacimiento de la cola bajo; lo que quiere decir que eran caballos andaluces. Para don R. Castejón, en la era cuaternaria aparece formado el mapa hípico de la Península hispánica, con los tres grandes troncos étnicos que todavía hoy la caracterizan: los poneys cantábricos (jacas gallegas, poneys vascos y navarros); los caballos de la meseta castellana, de perfil recto y que recuerdan al Equus Ferus Gmelini, caballo salvaje de Europa oriental y central, especialmente abundante en el sur de Rusia, denominado Tarpán por Simón Pallas, al que se le admite una antigüedad de diez mil años -según determinaciones con radio carbono- y se considera precursor de la raza árabe; y el caballo andaluz, tipo berberisco, cuya relación filogenética lo conecta con el Equus Przewalski o caballo mongólico. En estos tres grandes troncos (poneys cantábricos, caballos de la meseta castellana y caballo andaluz) dejaron influencia las emigraciones de diferentes pueblos a la Península, que traían sus caballos domésticos: íberos, celtas, cartagineses, romanos, árabes, etc. Pero esta influencia no fue tan grande ni tan intensa como para cambiar los tipos étnicos ya definidos.

Por consiguiente, la Raza Andaluza de tiempos históricos, mejorada y transformada a través de los siglos, según modas, necesidades, invasiones guerreras o planes zootécnicos de mejora, es el substratum de la actual Raza Española, que conserva muchos de los caracteres de aquélla.